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2014年、高校卒業を機に親元を離れた百音（清原果耶）は、宮城県北部にある登米市の大山主・新田サヤカ（夏木マリ）の家に下宿して、森林組合の見習い職員として働き始めた。サヤカは百音の祖父・龍己（藤竜也）と旧知の仲で、百音は彼女の元で山や木について学んでいた。父・耕治（内野聖陽）は、家を離れた娘を心配して、頻繁に電話をよこすが、母・亜哉子（鈴木京香）は、サヤカに百音のことを託していた。

百音（清原果耶）は、サヤカ（夏木マリ）の山の樹齢３００年のヒバの木の存在を知る。そして、厳しい自然環境の中で少しずつ成長していくヒバの木に、心を揺さぶられていた。一方、森林組合の課長の翔洋（浜野謙太）は週末に登米の伝統の能の定例会を控えて、そわそわしていた。百音は、能舞台を見学に行き、サヤカと川久保（でんでん）が、ヒバの伐採について話し合っているのを目撃する。その夜、百音の妹・未知（蒔田彩珠）の水産高校での取り組みのニュースを見てていた。未来に向かって奮闘する妹の姿は、今の百音にはまぶしく映るのだった。

東京から人気気象キャスターの朝岡（西島秀俊）がやってきて町は大騒ぎに。朝岡は、登米出身の漫画家・石ノ森章太郎（いしのもりしょうたろう）の大ファンで、『特別原画展』を見学するため、東京から足を運んだのだ。朝岡の歓迎会で周囲が大いに盛り上がる中、百音（清原果耶）は、林業の仕事は好きだが、診療所の医師・菅波（坂口健太郎）や、妹のような明確な思いがないため、どこかで引け目を感じていた。

百音（清原果耶）と翔洋（浜野謙太）は、気象キャスターの朝岡（西島秀俊）を森林セラピーに案内する。その最中、風向きや雨雲のようすから天気の変化を正確に言い当てた朝岡に驚く百音に、天気を予測する力は本来人間に備わっていると言い、天気と関連性が証明されている『気象病』などを教えた。やがて雨が降りだし、夕方からの能の定例会を中止にしなければならない、と落ち込む翔洋たちを見て、百音は雨が定例会の開始時間までにやむ可能性はあるのか、と朝岡にたずねた。

いよいよ「登米能」の定例会がはじまる。伝統ある『登米能』を、初めて観賞した百音（清原果耶）は、サヤカ（夏木マリ）の奏でる笛の音や、ふだんと全く違う雰囲気で能舞台に立つ翔洋（浜野謙太）の姿に感動する。定例会後、サヤカが電話で百音の祖父・龍己（藤竜也）に百音の様子を伝えていると、龍己は電話越しの百音の楽しそうな声に驚き、龍己のそばでそっと話を聞く百音の父・耕治（内野聖陽）も、百音の心に内が分からず苦悶していた。そしてサヤカ自身も、ある決意を固めるのだった。

百音（清原果耶）は、本採用試験に合格した百音は、『米麻（よねま）町森林組合』の正式な職員となった。そんな百音に、下宿先の主人で、大山主として森林組合を牛耳る新田サヤカ（夏木マリ）が、加工後に余った木材を使ったグッズの企画制作を命じる。そんな中、亀島から百音の父・耕治（内野聖陽）が登米へやってきた。耕治は、百音を心配するあまり、実家に連れ戻そうとやってきたのだった。そのころ、気仙沼では百音の妹・未知（蒔田彩珠）が、百音の幼なじみで漁師になったばかりの及川亮（永瀬廉）と久しぶりに会っていた。

耕治（内野聖陽）が登米へやってきた翌日、林間学校の小学生たちが森林組合を訪れる。サヤカ（夏木マリ）の計らいで、耕治は百音（清原果耶）が働く様子を見学することに。講師をサポートする百音は、元気な小学生たちに圧倒されながらも、林業や木材について説明していた。娘がいきいきと働く様子を目の当たりにした耕治にサヤカは、どんなかわいくても手元に置いておくのは違うと思うと助言する。

駅を目指して歩き出した耕治（内野聖陽）は、昔なじみの田中（塚本晋也）と登米でばったり再会し、若いころの思い出や近況を語り合う。一方、百音（清原果耶）は林間学校の小学生たちとともに、山歩きに来ていた。天気もよく順調に山を歩く百音たちだったが、>天気予報に反して、雨が降り出しそうな空模様になる。そんな中、特に元気のいい小学生・圭輔（阿久津慶人）が、飛ばした木とんぼを追って、ハイキングコースから外れてしまう。そして百音は、課長に携帯電話が通じるから大丈夫だと告げ、圭輔を捜しに行った。

激しい雷雨の中、斜面を滑り落ちた少年・圭輔（阿久津慶人）を引っ張り上げた百音（清原果耶）は、翔洋（浜野謙太）に電話で状況を伝えるが、翔洋や川久保（でんでん）たちも、雨の激しさのせいで２人を助けに来られない。雷に当たらないよう姿勢を低くして助けを待つ２人だったが、雨は一向にやまず、圭輔はみるみる体力を消耗していく。必死に考えを巡らせた百音は、天気のことを教えてくれた気象キャスター・朝岡（西島秀俊）のことを思い出し、咄嗟に電話をかけた。

百音（清原果耶）と圭輔（阿久津慶人）は、雷雨の中なんとか山の中の避難小屋にたどり着き、一安心したが、そこへよねま診療所の医師・菅波（坂口健太郎）から圭輔が低体温症になっている可能性があると聞く。圭輔が眠ってしまうと危険だと伝えられた百音だったが、疲れもあって圭輔はウトウトしてしまう。圭輔の目を覚まさせようと必死に声をかける百音は、リュックの中から父・耕治（内野聖陽）から渡された木の笛を見つけ、笛を吹くと圭輔は目を覚ますことができた。

山で豪雨に見舞われたことをきっかけに、気象予報士の資格に興味を持った百音（清原果耶）は、林業の本と一緒に『気象予報士試験』の本を購入した百音は天気の勉強をはじめるが、専門用語に悪戦苦闘していた。やがて夏になり、祖母・雅代（竹下景子）の初盆に合わせて亀島の実家へ帰省する百音。港で耕治（内野聖陽）や未知（蒔田彩珠）の出迎えを受け、百音は嬉しかった。

帰省した百音（清原果耶）は、亜哉子（鈴木京香）や龍己（藤竜也）とともに、雅代（竹下景子）の初盆の支度をしていた。盆棚の準備では、百音が登米から持ち帰った、組手什（くでじゅう）が役に立った。そこへ、漁師になった亮（永瀬廉）や明日美（恒松祐里）、悠人（高田彪我）らが永浦家を訪ねてきて、未知（蒔田彩珠）とともに、お互いの近況や恋の話などで大いに盛り上がる。その後、皆で精進料理を囲んでいると、話題は来月に開通する亀島と本土を結ぶ橋のことになり、父・耕治（内野聖陽）は、島の悲願の橋が出来たことを心から喜んでいた。

百音（清原果耶）の幼なじみの三生（前田航基）が、かくまってほしいと永浦家へやってきて、百音は自室に三生を隠し、幼なじみたちをこっそり集める。三生は、１０００年以上の歴史がある実家の寺を継ぐべく仙台の大学へ通っていたが、僧侶にはならないと宣言。結論を焦る必要はないと三生をなだめた百音は、三生の気持ちが自分にも分かるとつぶやいた。

三生（前田航基）と一緒に永浦家に泊まっていくことになった百音（清原果耶）の幼なじみたちは、亜哉子（鈴木京香）が出してくれたビデオを見て、中学校時代の吹奏楽部の思い出話で盛り上がった。皆が寝静まったあと、百音は、幼いころから亮（永瀬廉）に思いを寄せ続けている明日美（恒松祐里）と、恋や将来のことについて女子だけで語り合った。

久しぶりの実家で、眠りについた百音（清原果耶）は、３年前、2011年3月11日午後2時46分、『ジャズ喫茶』でのあの大きな地震のあと、幼なじみと再会した時のことを思い出した。一夜が明け、百音や亮（永瀬廉）たちは、早朝、昔通った浜辺を訪れる。そして、亮が三生（前田航基）は『あの時』の寺の過酷さを間近で見たことで、生半可な気持ちで住職が務まらないと感じたのではないかと思いやった。

親に黙って仙台の大学から逃げてきた三生（前田航基）は、永浦家の家業である『牡蠣（かき）』の養殖業を手伝うことになった。そんななか、百音（清原果耶）の妹・未知（蒔田彩珠）は、祖父・龍己（藤竜也）の助けも借りながら、夏休みの自由研究でカキを卵から育てる地場採苗に挑戦していた。これまでは、種牡蠣の生産者から購入したものを大きく育てて出荷していましたが、自前で種牡蠣を作ろうとしているのだった。

カキの研究に励む未知（蒔田彩珠）や、漁師になった亮（永瀬廉）と自分を比べて、親の期待を裏切る自分に呆れる三生（前田航基）は、こんな気持ちのまま寺を継いでいいのかと、葛藤する思いを百音（清原果耶）に打ち明け、百音にも、その気持ちがよく分かるのだった。耕治（内野聖陽）の提案でバーベキューをすることになった永浦家。百音が薪（まき）を用意していると、龍己（藤竜也）が木材にとても詳しいことが分かり、山と海の繋がりについて、ぼんやりと考え始めるのだった。

街で久しぶりに幼なじみの新次（浅野忠信）に会った耕治（内野聖陽）だが、空模様が怪しくなり、あっという間に激しい雨が降りだす。外の雨を気に掛けた耕治が、折り畳み傘を差し出すと、新次は相変わらず準備がいいとうす笑いを浮かべる。そして、かつて耕治から止められてしまった融資のことを嫌味っぽく持ち出した。島育ちの幼なじみの2人の間には、深いわだかまりが残っているのだった。

盆船奉納の準備をする永浦家。百音（清原果耶）たちが浜へ向かうと、明日美（恒松祐里）や悠人（高田彪我）もやってくるが、亮（永瀬廉）は仕事の都合で来られなかった。盆船を奉納しながら、龍己（藤竜也）は雅代（竹下景子）のことを懐かしむ。三生（前田航基）は将来について父・秀水（千葉哲也）と話せずにいたが、みんなの後ろで所在無げにしていたが、父の読経姿を見つめるうちに熱いものがこみ上げるのだった。

未知（蒔田彩珠）は自由研究のカキが思うように育たず、落ち込んでおり、百音（清原果耶）は心配する。その夜、未知は百音が気象予報士の資格に興味を持っていることを知り、応援した。そして、百音は、登米の山の中で遭難しかけた事を明かし、先の事が分かれば人助けができるとの思いを語った。

お盆休みを終え、気仙沼から登米へと戻る百音（清原果耶）は、亮（永瀬廉）に遭遇する。亮と父・新次（浅野忠信）との関係を心配する百音だったが、前日の『盆船奉納』に顔を出さなかった亮は、泥酔した父・新次が警察騒ぎを起こしたとは言えず、仕事を言い訳にしたのだ。そして百音が乗り込んだＢＲＴ（バス高速輸送システム）には、菅波（坂口健太郎）が乗っていた。百音は、気象予報士の資格に興味を持っていることを話すが、菅波は買う本が間違っていると指摘し、百音の場合は漫画や絵本から始めたほうがいいと言うのだった。

登米に着いた百音（清原果耶）と菅波（坂口健太郎）を、菅波の先輩医師・中村（平山祐介）が待っていた。百音が実家のカキをおみやげとしてふるまうと、登米の皆からおいしいと喜ばれた。3年物の大ぶりな牡蠣を堪能したサヤカ（夏木マリ）は、震災からの復興を喜び、海の人たちの頑張りを讃える。そんななか、広葉樹がなかなか売れない現状をサヤカや川久保（でんでん）から聞かされた百音は、広葉樹を使った新事業の構想を始めた。

小学校で新商品のヒントを得た百音（清原果耶）は広葉樹で学童机を作ってはどうか、と森林組合の仲間たちに提案する。川久保（でんでん）や翔洋（浜野謙太）も百音の提案に可能性を感じ取って賛同し、手始めにサンプルを作ることになった。一方、百音は気象の勉強では相変わらず行き詰まっていた。子ども向けの絵本などにも目を通す百音だが、難しい。しかし、そこへ忘れ物を取りにやってきた菅波（坂口健太郎）に、百音はますます天気に興味が沸いたと正直な気持ちを伝えたのだった。

菅波（坂口健太郎）に気象の勉強を教えてもらうようになった百音（清原果耶）に、菅波は、『中学理科の参考書』を百音に差し出した。一方、学童机のサンプルが完成するが、木材の乾燥期間を考えると教育委員会が設定する納期に間に合わないことが判明し、暗いムードが立ち込める森林組合一同。翌朝、気象について勉強しながら、急に笑顔になった百音は、サヤカ（夏木マリ）のもとへと駆け出していった。

百音（清原果耶）は、学童机づくりが納期に間に合わない最大の要因が木材の乾燥期間にあることに着目し、使われていないビニールハウスを使って乾燥を早めることを提案する。しかし、加工のスピードも上げなければならず、やはり無理かと一同はあきらめかけるが、百音は、『登米市木工組合』に加盟する職人たちに頼むことを提案。さまざまな人の助けを借りて、百音の初仕事である学童机づくりは実現へと近づいていくのだった。

ある日、百音はベテラン作業員・熊谷（山本亨）が雨でも作業を中断しなかったことを心配し、安全を優先してほしいと訴えるが、中途半端な知識で口を出すなと一蹴される。そして百音は、林業は労働災害が多く死亡事故の確率が高い危険な職業のため、熊谷は常に作業員の安全を考えているのだと課長に教えられ、反省した百音は熊谷に謝り、和解した。そして、熊谷や作業員たちがたくさんの国家資格を有していることを知った百音は、気象予報士の資格について菅波（坂口健太郎）に相談する。

百音（清原果耶）は、サヤカ（夏木マリ）に気象予報士試験に挑戦することを打ち明ける。合格率がたった5％だと知ったサヤカは驚くが、笑顔を浮かべながら「気長にやんな」と、百音を応援する。そんなある日、田中（塚本晋也）からテーブルの発注を受けた百音は、打ち合わせで田中の喫茶店を訪ね、田中が両親と昔からの知り合いだったことを知った。

いよいよ最初の気象予報士試験の日がやってくる。サヤカ（夏木マリ）や菅波（坂口健太郎）の励ましを受けて試験へ向かう百音（清原果耶）。そんな百音のスマホには、医師・菅波から試験対策のメールが何通も届いていた。しかし、合否が分かるまで、しばらくは気をもむ日々が続く。そんな中、田中（塚本晋也）からのテーブルの注文が突然キャンセルになってしまう。心配した百音が自宅を訪ねると、そこには病状が悪化した田中の姿があった。そして、田中の病状を知った百音は愕然とするのだった。

百音（清原果耶）は、田中（塚本晋也）にもう一度テーブルとイスを作らせてもらえないか頼んでいた。別れた家族への未練と、自身のプライドの狭間で揺れる田中の本音を知った百音は、力になれないかと考え、菅波（坂口健太郎）に相談するが、菅波ははねつけてしまう。菅波の初めて見せる感情的な態度に、百音は言葉を失うのだった。

中村（平山祐介）の強い希望もあり、菅波（坂口健太郎）は田中（塚本晋也）の在宅診療に携わることになった。田中が森林組合に注文したテーブルとイスも、無事納品され、田中は、別れた妻に完成したテーブルを見に来てもらえないかと連絡をしており、百音（清原果耶）は田中とともに奥さんが店に来てくれるか否か、固唾をのんで待つ。しかし、約束の時間がやがて過ぎ、別れた妻から断りのメールが届いた。

百音（清原果耶）の初の気象予報士試験は、不合格に終わった。百音から報告を受けた診療所の医師・菅波（坂口健太郎）は、想定内だった様子。再挑戦のためにまた菅波に勉強を教えてもらう日々が始まるが、森林組合の仕事が忙しくなり、居眠りしてしまうなど勉強と仕事の両立の難しさを痛感する。そんななか、サヤカ（夏木マリ）が植樹祭に向けて苗木を準備中に骨折してしまう。ケガをしたサヤカのために自分に何ができるのか、百音は考えていた。

百音（清原果耶）は２回目の気象予報士試験を受けるが、感触は良くなかった。菅波（坂口健太郎）からは、仕事や生活が充実すると情熱が薄らぐ『社会人あるある』だと言われる。そんなある日、朝岡（西島秀俊）が後輩の気象予報士のフィールドワークのために久しぶりに森林組合を訪れる。そして気象情報を通じ、様々な分野に役立てようとしている朝岡たちの様子を見た百音の心情にも変化が起きはじめる。

百音（清原果耶）は、サヤカ（夏木マリ）、中村（平山祐介）、朝岡（西島秀俊）の３人がつながりを持つようになったきっかけを知る。一方、未知（蒔田彩珠）は、大学に進学せずにすぐに水産試験場で働くことを家族に伝えていた。数日後、登米が暴風雨に見舞われたため、同じ部屋でサヤカと夜を明かすことにした百音は、サヤカの木を大切にする思いを聞く。

未知（蒔田彩珠）の進路を心配していた耕治（内野聖陽）だったが、百音（清原果耶）の助言も受けて未知に任せることにした。無事に仲直りした永浦家の一同は、20歳の誕生日を迎えた百音を電話越しに祝福する。ある日、森林組合の面々が前日のラグビーの試合結果で盛り上がる中で、百音はラグビーの試合のために気象情報の解析を担っていることを知り、気象情報会社への興味をいっそう募らせた。

樹齢３００年のヒバの伐採計画がいよいよ本格的に動きだす。百音（清原果耶）は、東京の気象情報会社への興味と、サヤカ（夏木マリ）の下で森林組合で働くことと、どちらを選ぶべきかで悩んでいた。東京と登米を行き来している菅波（坂口健太郎）に、東京はそんなにすごいところなのか、と聞く百音だったが、菅波からは厳しい言葉が返ってくる。自分自身の甘さを痛感した百音は、とっさに「気象予報士をあきらめる」と言い出す。

2015年の年末、百音（清原果耶）は3回目の気象予報士試験に意気込みつつ故郷・気仙沼へ帰省する。実家でも勉強に励む百音だったが、島では亜哉子（鈴木京香）について、気仙沼本土でしばしばある男性と会っているという噂が立っていた。気になって仕方ない百音は試験勉強をやめ、未知（蒔田彩珠）と亜哉子の後を追うことにする。

実は、亜哉子（鈴木京香）は、新次（浅野忠信）の通院を手伝っていた。かつて、永浦家と及川家は家族ぐるみで仲がよく、耕治（内野聖陽）と新次、その妻・美波（坂井真紀）は、島で一緒に育った幼なじみだったのだ。震災前の2010年、新次は、新しい船を買う相談をするため、よく永浦家に来ていた。

幼なじみの亮（永瀬廉）の父・新次（浅野忠信）が行方不明になり、落ち着かない百音（清原果耶）と妹・未知（蒔田彩珠）。しかし、新次はかつて自宅があった場所で酔いつぶれていたところを無事発見される。震災から数か月たったころ、耕治（内野聖陽）は新次にもう一度船に乗ることを勧め、銀行員としてもサポートをすると約束していた。しかし、結果として２人は決裂してしまう。百音は、気象キャスター・朝岡（西島秀俊）が言った「何もできなかったとい思っているのは、あなただけではありません」という言葉を浮かび、今の自分に何ができるか自問自答する。

ひとまず永浦家に連れられてきた新次（浅野忠信）は、耕治（内野聖陽）や亜哉子（鈴木京香）、龍己（藤竜也）の前で、長い間抱えてきたどうにもならない苦しさを吐きだし、あの日以来ずっとどん底に沈んだまま自分は何も変わらないと語る。離れてその姿を見ていた百音（清原果耶）や未知（蒔田彩珠）。そこに、突然亮（永瀬廉）が現れた。

新次（浅野忠信）が見つかった翌日、百音（清原果耶）が気象予報士試験の勉強をする部屋で、幼なじみたちはボードゲームを楽しんでいた。そして、妹・未知（蒔田彩珠）が県の採用試験に受かり、水産試験場に配属希望を出していると明かすと皆が称賛した。やがて、ふとしたことで、亮（永瀬廉）が、自分たちの世代の将来について語りだした。

百音（清原果耶）は３度目の気象予報士試験を受け、不合格だった過去の2回と比べ、大きな手応えを感じていた。そんな中、樹齢300年のヒバの木の伐採が近づいていたが、森林組合では伐採後の木材の保管場所について苦心していた。木材は長期間の乾燥を必要とするが、何十年も先まで使える場所がなかなか見つからないのだ。さらに、菅波（西島秀俊）の将来を心配する中村（平山祐介）は、4月から大学病院の医局に戻ることを提案し、後任を捜す必要があるので早めに返事が欲しいと菅波に告げるのだった。

ついに気象予報士試験に合格した百音（清原果耶）は、喜び勇んでサヤカ（夏木マリ）に報告しようとするが、いざサヤカを目の前にすると合格を告げられなくなってしまった。サヤカは、50年後、100年後に何かあった時に、誰かの役に立ててほしいと言った。そして、サヤカは菅波（坂口健太郎）に探りを入れるなどして、百音が合格したことを察していた。

登米の人びとに見守られ、ついに樹齢３００年のヒバの木が伐採される。サヤカ（夏木マリ）は立ち会った人たちにお礼を言うと、先祖代々守ってきたヒバの木に万感の思いがつのった。そして未定だった木の保管場所についても、百音（清原果耶）が神社に保管することを思いつく。百音の話に心を動かされた宮司は、神社も土地を守る役割を担っていると言い、保管を承諾してくれたのだった。サヤカは、そんな百音の仕事ぶりをほめ、自分に気を遣わず、夢があるのならそちらへ進んでほしいと伝えた。

百音（清原果耶）はようやくサヤカ（夏木マリ）に、気象予報士試験に合格したことを伝える。さらに、森林組合の面々にも、組合を辞めて東京で気象にまつわる仕事を目指すことを打ち明ける。残念がる一同だったが、これまでの百音の仕事ぶりをたたえた課長は、百音の決意を応援するのだった。菅波（坂口健太郎）も百音に影響を受け、迷っていた進路を固める。「もうしばらく今のまま東京と行き来して、こちらで訪問診療を続けたいと思います」と、中村（平山祐介）に話すのだった。

百音（清原果耶）は気仙沼の実家で飲みすぎてうたた寝してしまった百音を家族たちは、明らかに様子と心配していた。、すると百音は、なぜ自分が島を離れたいと思ったのかを語り始める。震災の日から抱えていた苦しい思いを打ち明けた百音は、「でも今は、自分にもできることがあるかもしれない」と家族を見つめた。その後、再び登米に戻った百音は、サヤカ（夏木マリ）をはじめお世話になった人々に、別れを告げる。

ついに上京した百音（清原果耶）は、下宿先の大家・井上菜津（マイコ）に温かく迎えられた。銭湯をリノベーションしたシェアハウスで、百音は菜津の優しい人柄に安心する。翌日の採用面接の下見をしようと、朝岡（西島秀俊）がいる気象情報会社を訪れると、登米で出会った野坂（森田望智）と内田（清水尋也）に再会する。喜ぶ百音だったが、野坂たちに、突然テレビ局へ連れていかれてしまう。百音が連れて来られた場所は、『ジャパン・ユナイテッド・テレビジョン』（通称：Jテレ）というテレビ局だった。

突然、『ニュースナイトJ・気象コーナー』に携わることになった百音（清原果耶）。そこには、ピンチヒッターとしてスタジオのキャスターを任され、意欲に燃える若手の気象予報士・神野マリアンナ莉子（今田美桜）がいた。百音は、さほど年の違わない莉子の積極的な姿勢に圧倒される。テレビ局の気象班デスク・高村（高岡早紀）や記者の沢渡（玉置玲央）などの個性豊かな面々に戸惑いながらも、百音は自分がふだんテレビで見ていた気象コーナーの裏側を知っていくのだった。

百音（清原果耶）の前で、不満を吐き出した若手気象予報士・莉子（今田美桜）。しかし、我に返った莉子は、百音に「面接頑張ってね！」と笑顔で伝え、その場から立ち去る。目まぐるしい１日を終え、百音が下宿先の銭湯・汐見湯に戻ると、幼なじみの明日美（恒松祐里）の姿があった。急な事情で住むところがなくなり、明日美も汐見湯に住むことになる。その夜、またしても会社から呼び出しが入り、百音は朝の情報番組の気象コーナーの手伝いにかり出された。

本番前にも関わらず、気象キャスター・朝岡（西島秀俊）から『休憩室』に集められた気象チームのメンバー。朝の情報番組の気象コーナーで、仙台の強風の情報を伝えたい朝岡と、黄砂の情報を伝えるべきだという高村（高岡早紀）の意見が対立。百音（清原果耶）はそのようすを目の当たりにしたり、莉子（今田美桜）のサポートをしたりする中で、報道気象の奥深さに気づいていくのだった。

百音（清原果耶）は、莉子（今田美桜）と連携して『ウェザーエキスパーツ』の社長・安西（井上順）から手渡された自社キャラクターを活用し、仙台周辺の強風情報を伝えることができた。同じ頃、仙台市に暴風警報が発令され、朝岡（西島秀俊）の指揮のもと、危険をいち早く伝えることができた。そして、放送開始前の会議で、強風情報を不確かなものだと却下した番組責任者の高村（高岡早紀）は、自分に非があったことを受け入れていた。

百音（清原果耶）は、無事ウェザーエキスパーツに採用され、気象予報士として働きはじめる。朝岡（西島秀俊）や莉子（今田美桜）と共に朝の情報番組を担当することになった百音は、菅波（坂口健太郎）に採用の報告をするもそっけない返事しかない。そして、気仙沼の妹・未知（蒔田彩珠）に電話した百音は、配属先が決まったことを伝え、水産試験場に採用された未知も、希望部署の『水産研究課』に決まったと声を弾ませたのだった。

早朝、出勤の準備をしていた百音（清原果耶）は、下宿先の建物で、不審な人影を目にして固まってしまう。不審に思いつつも出勤した百音は、莉子（今田美桜）とコンビを組んで、朝の情報番組の中継コーナーでパペットを動かす担当になった。そんな百音とコンビを組むことを喜んだ莉子は、「またトレンド入りを目指そ！」と張り切る。その週末の深夜、明日美（恒松祐里）も何者かの気配を感じて百音と２人大騒ぎに。そこに、大家の菜津（マイコ）が駆けつけ、自分と祖父母のほかに、もう一人住んでいることを明かした。

百音（清原果耶）と明日美（恒松祐里）以外にも住人がいると明かした菜津（マイコ）は、その住人は宇田川という男性で、菜津より年上だと言う。宇田川は、大家の菜津と昔からのつきあいがあり、とてもいい人だとのことだった。やがて夏が訪れ、莉子（今田美桜）との中継コーナーも視聴者から好評で、百音の仕事は一層充実していた。

局地的な大雨によって起きた自動車の水没事故を調べる気象班。朝岡（西島秀俊）は、天気の急変は5分10分の勝負になっていると言い、水の動きを読み切れなければこの先の災害は防げないと告げる。常に命と関わっていることを実感した百音（清原果耶）は、改めて気象予測の重要性と責任を強く感じていた。

4か月ぶりに菅波（坂口健太郎）と再会した百音（清原果耶）は、仕事で空回ってしまったことを相談すると、優しさのある菅波らしいアドバイスが返ってきて、元気を取り戻す。力んでしまっていた百音を心配していた朝岡（西島秀俊）や莉子（今田美桜）も、肩の力が抜けた様子に一安心した。それから朝岡は、東北の太平洋側から大型の台風が上陸する恐れがあると分析し、険しい顔つきになる。

東北の太平洋側に大型の台風が近づいており、慌ただしくなる気象班。百音（清原果耶）は、気仙沼の実家に電話し、さまざまな対策を伝える。耕治（内野聖陽）や亜哉子（鈴木京香）は、そんな娘のようすに頼もしさを感じるのだった。そんな中、下宿先の大家・菜津（マイコ）の祖父・肇（沼田爆）がテレビでのスポーツ観戦に夢中になりすぎて、熱中症になってしまう。百音はとっさに近くの病院に勤める菅波（坂口健太郎）に助けを求め、菅波が応急手当をした後、肇は救急車で病院へ向かった。

いよいよ宮城県に大型の台風が迫り、気象キャスター・朝岡（西島秀俊）は、百音（清原果耶）の意見を取り入れ、より具体的な対策を視聴者に届ける。百音からの情報で、気仙沼では耕治（内野聖陽）たちが、登米ではサヤカ（夏木マリ）たちがそれぞれに対策を進めていた。船を荒れる波から守るため、新次（浅野忠信）は耕治からのある提案に乗り、亮（永瀬廉）も喜んだ。やがて台風が去り、百音は家族たちからおかげで助かったと感謝され安堵する。

百音（清原果耶）は、莉子（今田美桜）から言われた、「人の役に立ちたい、は結局は自分のためではないか」との指摘をきっかけに、「人の役に立ちたい」という自分の目標を見つめ直していた。その頃、未知（蒔田彩珠）も研究が思うように進まず悩む。ある日、車いすマラソンの選手・鮫島（菅原小春）がウェザーエキスパーツを訪れる。鮫島は、気象情報を競技に生かすため朝岡（西島秀俊）を頼ってやってきたのだ。

朝岡（西島秀俊）がいずれ気象キャスターを辞めるつもりだと聞いて慌てる百音（清原果耶）たち。番組責任者・高村（高岡早紀）に、朝岡のことを伝えた莉子（今田美桜）と百音だったが、高村は、「また言ってるんだ･･･」と驚かなかった。そして高村は、朝岡の後任に莉子を推すと言った後に、女性キャスターは大変だと助言する。

車いすマラソン選手の鮫島（菅原小春）をサポートすることとなった、百音（清原果耶）たち。コインランドリーに来ていた菅波（坂口健太郎）は、大家の菜津（マイコ）から留守番を頼まれたと話す。そしてあらためて、車いすマラソンの鮫島に協力することはできないと告げる。そして、しばらく考え込んだ菅波は、「行きつく先は全部自分のためだ･･･。そうやって僕は、ある人の人生を奪いました」と言うのだった。

車いすマラソン選手の鮫島（菅原小春）をサポートすることとなった、百音（清原果耶）・朝岡（西島秀俊）・莉子（今田美桜）・内田（清水尋也）。来月行われる車いすマラソンの強化選手選考会までに、鮫島の弱点である「暑さに弱い体質」を克服しなければならない。そのために、医師のサポートが必要であり、百音の脳裏には菅波（坂口健太郎）が浮かんだ。

菅波（坂口健太郎）が、医学的な観点から色々と調べた結果、鮫島（菅原小春）が暑さに弱い原因は競技中に“深部体温”が上がってしまうことではないかと考える。そこで菅波は、競技中に細かく砕いた氷を飲みながら走ってみてはどうかと提案する。すると、鮫島のタイムが順調に伸びていったのだった。

選考会6日前、順調だった鮫島（菅原小春）だが、ここにきてタイムが思うように伸びなくなってしまい、百音（清原果耶）に弱音を吐く。百音は、鮫島のこれまでのレースを今一度検証し直す。すると鮫島は、風の強いレースでめっぽう強いランナーだったことが解り、百音は、鮫島の『強み』を生かせないかと考えをめぐらすのだった。

選考会３日前、鮫島（菅原小春）に新たに計画した「プランＢ」を伝えた百音（清原果耶）たち。それは、選考会当日に競技場に強い風が吹く可能性があり、バックストレートの追い風で体を休ませ、ホームストレートの向かい風で勝負するというものだった。向かい風に向かうのが鮫島スタイルだと気づいた百音は、最後は自分の感覚で勝負してほしいと考えたのだった。

百音（清原果耶）の声援が響く中、ラストスパートをかけた鮫島（菅原小春）は、標準記録を突破してゴールしたし、車いすマラソンの強化指定選手に選ばれた。鮫島は、「レース前からプランＢで行くと決めていた。みんなのことを信じた」と百音たちに告げる。ある日、コインランドリーで話す菅波（坂口健太郎）と百音。そこで、百音は、菅波が抱えていた辛い過去を聞くのだった。

朝岡（西島秀俊）は車いすマラソン選手・鮫島（菅原小春）をサポートして以来、より一層スポーツ気象ビジネスに力を入れ、いきいきと仕事をしていた。一方で、気象班デスクの高村（高岡早紀）は不機嫌だった。その後、皆の前で、朝岡が気象キャスターを辞めると発表があり、朝岡は『スポーツ気象』に専念すると明かす。後任に莉子（今田美桜）が指名され、莉子の中継コーナーの後任には、百音（清原果耶）の名前が挙がった。

沢渡（玉置玲央）が、東北の町での水害に対する住民の避難行動を評価する特集の企画を立てる。内田（清水尋也）たちも人への被害がなかったことに安堵するが、朝岡（西島秀俊）の表情は暗い。そんな朝岡は、災害が起きやすい土地で暮らす人々に対して、何ができるのか思い悩んでおり、それは百音にとっても他人事ではない悩みだった。菅波（坂口健太郎）に相談していると、そこへ気仙沼にいるはずの父・耕治（内野聖陽）が立っていた。

耕治（内野聖陽）と龍己（藤竜也）が、カキの品評会のために上京。百音（清原果耶）と２人きりのところを耕治に見られてしまった菅波（坂口健太郎）は動揺していた。。そのころ、未知（蒔田彩珠）は相変わらず気仙沼で仕事に打ち込んでいるが、亜哉子（鈴木京香）は、心配していた。翌日、耕治はこっそりウェザーエキスパーツを訪れると、そこに朝岡（西島秀俊）の姿を見つけ、目を輝かせた。

ウェザーエキスパーツを訪れた耕治（内野聖陽）は、朝岡（西島秀俊）と世間話をしていた。朝岡は、土地とそこに暮らす人びとについて自分が考えていることを耕治に打ち明けた。朝岡が抱える後悔や悩みを聞いた耕治は、一度亀島を飛び出し、また戻った自身の経験も交えて語り始める。そして耕治は、娘や未来を担う子どもたちへ、どこに行っても未来は明るいと言い続けたいと熱い気持ちを語るのだった。

耕治（内野聖陽）が気仙沼へ戻る日、菅波（坂口健太郎）が汐見湯に呼び出される。父が何を言いだすのかと百音（清原果耶）は気が気ではなかったが、菅波の誠実な思いを聞いた耕治は、胸をなでおろし、百音もうれしく思った。朝岡（西島秀俊）と百音は、改めてどのように気象情報を届けていきたいか、目標や理想を語り合う。そして、出社した百音は、気象班デスクの高村（高岡早紀）と朝岡のもとへ行き、「中継キャスターをやらせてください！」と言うのだった。

耕治（内野聖陽）、龍己（藤竜也）に続いて、東京にやってきた未知（蒔田彩珠）。水産試験場に勤務する未知は、静岡で行われる水産庁の検討会に行く前に、寄ったのだった。そして、百音のキャスターデビューの日が近づくが、リハーサルはボロボロの出来。そして、いよいよ本番当日、明るい笑顔でハキハキと挨拶した百音は、無事に役目を果たした。固唾を飲んで見守っていた父・耕治（内野聖陽）は胸をなでおろし、「我が娘ながら大したもんだ」と感激するのだった。

百音（清原果耶）と同じ日、気象キャスターとしてデビューする日に、大失敗した莉子（今田美桜）は気象班デスクの高村（高岡早紀）に謝罪。放送後、百音、莉子、内田（清水尋也）、野坂（森田望智）は、明日のリベンジを誓う。そんな4人を物陰からそっと見守っていた朝岡（西島秀俊）は、後輩たちの成長を喜び安堵していた。

百音（清原果耶）と菅波（坂口健太郎）が二人で会うと知った明日美（恒松祐里）は、大はしゃぎ。「気持ちを伝えるべき」と百音を盛り立てるが、百音はそんなつもりはないと否定する。同じころ、登米では菅波が、医師としてどう進むべきか、思い悩んでいた。サヤカ（夏木マリ）に相談すると「モネと話してみてはどうか」とアドバイスをもらう。そして菅波は、百音のことを大事にしたいといつになく素直な思いを打ち明けた。

仕事で近くまで来たついでに、百音（清原果耶）を訪ねてきた亮（永瀬廉）。その夜、亮は、汐見湯で百音、未知（蒔田彩珠）、明日美（恒松祐里）と楽しい夜を過ごし、翌朝仕事へと戻っていった。そして、いよいよデートの日。菅波（坂口健太郎）と百音が出かけようとすると、菅波のスマホが鳴る。それは病院から電話で、デートは翌日に持ち越されてしまったのだ。その夜、百音と未知が寝ているところに、亜哉子（鈴木京香）から電話が入り、「亮君、船に戻ってないらしいの･･･」という亜哉子の切羽詰まった声を聞いた百音と未知は、一気に眠気が覚めた。

亜哉子（鈴木京香）からの電話で、幼なじみ・亮（永瀬廉）が行方不明だと知った百音（清原果耶）と未知（蒔田彩珠）。亜哉子は、先日、永浦家での出来事を二人に話した。新次（浅野忠信）が、美波（坂井真紀）のことで、荒れたというのだ。それを聞き、亮に電話をする百音。亮は「もう全部やめたい」と震える声で言うと、また連絡すると告げ、一方的に電話を切ってしまった。

父・新次（浅野忠信）がふたたび酒を飲んで暴れたことを知り、亮（永瀬廉）は、東京で行方をくらませていた。ほどなく、百音（清原果耶）と未知（蒔田彩珠）は、亜哉子（鈴木京香）からの電話で、亮が高速バスで気仙沼に戻ることになったと聞き、安心する。そして、百音は明日美（恒松祐里）と相談し、明日美の思いを受け止めた百音は、絶対に連れてくると約束し新宿へと向かった。

亮（永瀬廉）が高速バスで気仙沼へ戻ろうとしていたところを、百音（清原果耶）が見つけ、島での亮の父の出来事を聞いたと言い、すべて「やめてもいい」と亮を気づかう。そして、震災以来、中学性の時から母の死を背負いながら、必死に頑張ってきた亮を労った。一方、汐見湯では百音に会いに来た菅波（坂口健太郎）が、明日美（恒松祐里）から事情を聞いていた。

久しぶりに集まった百音（清原果耶）、亮（永瀬廉）、未知（蒔田彩珠）、明日美（恒松祐里）、悠人（高田彪我）、三生（前田航基）の６人は、震災の日から抱えてきた思いを、ぶつかり合いながらも打ち明けていく。すると百音が「こういう話、ずっと聞きたかった気がする･･･」とぽつりと言うのだった。一方、資料を届けにウェザーエキスパーツを訪れた菅波（坂口健太郎）は、莉子（今田美桜）や野坂（森田望智）たちから百音との関係を問われ、しどろもどろに答えていた。

それぞれの思いを話し合った百音（清原果耶）や亮（永瀬廉）たち幼なじみは、築地に繰り出して、つかの間楽しいときを過ごす。その頃、気仙沼では、亮の父親としてこのままではいけないと感じる新次（浅野忠信）は、父親としてこのままではいけないと痛感するし、おもむろに亡き妻・美波の『死亡届』を広げる。そんな新次の力になろうと、耕治（内野聖陽）と亜哉子（鈴木京香）が相談にのっていた。

未知（蒔田彩珠）や亮（永瀬廉）たちは気仙沼へ帰っていった。その頃、サヤカ（夏木マリ）や龍己（藤竜也）は、自分たちより下の世代のためにも、自分たちが楽しく、格好よく生きなければ、と電話で語り合っていた。一方、「亮が帰ってきたら、どうするかちゃんと話す」と亮の父・新次（浅野忠信）が前向きな言葉を口にすると、耕治（内野聖陽）と亜哉子（鈴木京香）は胸をなで下ろす。そして、百音（清原果耶）と結局会えずじまいだった菅波（坂口健太郎）が改めて汐見湯にやってきた。

ようやく気持ちが通じ合った百音（清原果耶）と菅波（坂口健太郎）は、サヤカ（夏木マリ）や翔洋（浜野謙太）たちに祝福されながら、登米で楽しいクリスマスを過ごす。しかし、菅波は大学病院に籍を残したまま、登米での診療に専念することになったと報告し、来年の3月いっぱいで東京の部屋を引き払うと言い、百音は、迫りくる現実を知り、寂しそうな顔になるのだった。そして、「あさキラッ」では番組視聴率が下がってきているという問題が起きていた。

百音（清原果耶）の会社では、新規事業審査会が行われていた。気象に関する仕事のアイデアなら誰でも提案でき、社長気に入れば、すぐ採用されるというものだ。内田（清水尋也）が提案した、花粉症対策アプリは、即採用となった。皆のプレゼンを聞いていた莉子（今田美桜）は、自分には“説得力がない”と落ち込む。自信を失っていく莉子を百音は心配していた。

『あさキラッ・気象コーナー』の視聴率改善策を考える百音（清原果耶）と莉子（今田美桜）。しかし、すっかり自信を失った莉子は、自分には専門分野がないとため息をついた。そして百音は、莉子のことと、菅波（坂口健太郎）となかなか会えないことに、モヤモヤとした日々を過ごしていた。そんな中、「あさキラッ」視聴率低迷を打破するため、朝岡（西島秀俊）は高村（高岡早紀）にある提案を持ちかけるが、その提案で莉子は、ますます追いつめられることとなるのだった。

内田（清水尋也）が、気象キャスターの実地テストを受けているのを百音（清原果耶）と莉子（今田美桜）が見る。そして、それは朝岡（西島秀俊）の発案だった。「あさキラッ」は莉子と内田の二人体制になり、内田に人気が出て莉子はますます落ち込んだ。そんな中、高村（高岡早紀）は、「誰よりもあなた自身の実力で勝負できるって信じられるくらいになりなさい！あなたが闘う場所は、私が死守するから！」と自分を貶める莉子を激励する。

弱音を吐く莉子（今田美桜）に、菜津（マイコ）は「人は、傷つく必要なんてない。どんな人でもいるだけでいい」と伝える。菜津の言葉から、何か大事なことに気付かされた莉子は、前向きな気持ちで、気象キャスターの仕事に取り組みはじめる。そんな莉子の変化を見て、百音（清原果耶）も一安心だった。しかし、一方で気づけば、菅波（坂口健太郎）が登米へ行く日が近づいていた。

2019年9月。百音（清原果耶）の24歳の誕生日を控えたある日、車いすマラソン選手鮫島（菅原小春）の代表選考レースが行われていた。それは、鮫島にとって大事な日であり、百音たち『チームサメジマ』にとっても、3年間の集大成の日でもあった。「気象条件はそろっています！勝ちます！」と自信を持つ百音たち。そして、皆のサポートを受け、鮫島はゴールするのだった。

百音（清原果耶）が提案した企画は「あなたの町の気象予報士　全国津々浦々計画」だった。地域の産業や医療などと連携する密着型の予報士の必要性を力説が、安西（井上順）に「採用になったら、地元に帰るのか？」と問われてしまう。久しぶりに一緒に過ごす百音と菅波（坂口健太郎）。百音は、気象予報士を全国に配置する企画を菅波に相談していたのだ。そして数日後、過去に例がないほどの大型台風が、日本列島に近づいていた。

大型台風12号の発生により、百音（清原果耶）たちは対応に追われ、日本列島への上陸3日前にも関わらず気象庁が記者会見を開き、公共交通機関が計画運休を検討するなど、異例の事態となる。雨が降り出せば、大きな災害に発展することが予想されるが、現時点では雨すら降っていないこともあり、世間の関心はほとんどない。すると、気象班デスクの高村（高岡早紀）が、視聴者が危機回避のために行動できるアイデアを考えてほしいと、百音に指示を出した。

『台風12号』が関東を直撃するが、大きな被害もなく過ぎ去った。一息つきながら積算雨量を見つめていた朝岡（西島秀俊）は、長野の番場川上流で、多量の雨が降ったことに気付く。「危険なのはこっちじゃないか･･･」と異変に気付いた朝岡は、一気に険しい表情になる。気象班チームそれぞれに、どう伝えたらよいか、一刻も早く行動する選択を迫られるのだった。

台風の影響で長野の河川が氾濫する恐れがあると判断した朝岡（西島秀俊）。朝岡が運営するサイトにも、視聴者から次々と情報が送られてくる。会社に戻った百音は、長野県・番場川の氾濫の警戒を呼び掛けるために、朝岡とインターネットライブ配信を始めた。やがて、台風が去り、百音と朝岡が安堵したのもつかの間、今度は、百音の故郷・気仙沼の亀島大橋のすぐ近くで『竜巻』が発生したという情報が入るのだった。

予期せぬ突風に襲われた気仙沼。永浦家の中は、ガラスが飛び散るひどいありさまだった。心配で電話をかけてきた百音（清原果耶）に亜哉子（鈴木京香）は、家族の無事を伝える。その日の夕方、登米から東京に菅波（坂口健太郎）が誕生日を迎える百音に会いに来た。２人が話していると、明日美（恒松祐里）から電話が入り、「龍己（藤竜也）のカキ棚が突風で、大きな被害を受けている」との知らせを受けたのだった。

実家の牡蠣棚が被害を受けたと聞き焦る百音（清原果耶）に、菅波（坂口健太郎）が「自分で見て、出来ることをすればいい」と伝える。百音は、気仙沼に向かうことを決意し、朝岡（西島秀俊）に事情を話して実家に向かった。その頃、気仙沼では亮（永瀬廉）や三生（前田航基）など大勢の人が永浦家の片づけを手伝っていた。

帰ってきた百音（清原果耶）に気づいた未知（蒔田彩珠）や皆に笑顔で迎え入れられ、百音はようやく作業の輪に入る。そして、「俺は創建1125年の星明寺（せいみょうじ）を継ぎます！」と声高に宣言した三生は、半信半疑の皆に本気な気持ちを伝えるために、前髪を切り落とした。翌日、百音は海の様子を見に行き、カキ棚の被害を目の当たりにする。心配する百音をよそに、龍己（藤竜也）は「しぶといんだ」と笑うのだった。

百音（清原果耶）は、未知（蒔田彩珠）に気仙沼に戻りたい気持ちを伝える。そして百音は、気仙沼でできる地域密着型事業企画を会社に提案中だと説明し、「ダメだったら辞める」と覚悟を伝えた。百音が汐見湯に戻ると、菅波（坂口健太郎）が待っていた。菅波は百音に、元ホルン奏者で、かつて自分が診察していた宮田（石井正則）を紹介する。宮田は、現在ボイラー整備士として働いており、汐見湯に仕事で来ていたところに、菅波と再会したのだという。菅波は、宮田に相談し、百音にあるサプライズを用意していたのだった。

宮田（石井正則）は、菅波（坂口健太郎）に頼まれホルンの演奏を披露する。百音（清原果耶）の脳裏には、中学ブラスバンド部時代の楽しい日々や、故郷の海が広がり、自然と笑みがこぼれる。そして、優しいホルンの音色は、百音の背中を押してくれるのだった。数日後、百音は会社の新規事業審査会で、地域密着型の気象予報士を活用する企画を発表した。

百音（清原果耶）の全国に地域密着型の気象予報士を配置する企画は新事業としては通らなかったが、地方営業所扱いで社員のまま気仙沼へ戻ることとなった。百音から手紙が届き、慌てて封を開いた母・亜哉子（鈴木京香）は、百音の心境の変化を知り、喜びをかみしめる。そして、気象キャスター・莉子（今田美桜）が、2020年の1月から仙台のテレビ局の夕方の帯番組のメインキャスターに決まったのだ。こうして、『あさキラッ』は、大きな転機を迎えることになった。

「おかえり、モネ！」と母・亜哉子（鈴木京香）が百音（清原果耶）を笑顔で迎え入れた。百音は、早速市役所で働く悠人（高田彪我）に、観光課課長の遠藤（山寺宏一）を紹介してもらい「けあらし観光ツアー」を提案するが反応はいまいちだった。遠藤が目を細めていると、ラジオから天気予報が流れてきて、百音が興味を示す。そして百音は、遠藤にある提案をするのだった。

百音（清原果耶）は、遠藤（山寺宏一）から了承を得て、ラジオで天気予報を放送させてもらうこととなった。しかし、ラジオ局にはクレームが届いていた。百音は、地元の天気を細かく延々と話し続けていたため、「もう少し楽しい話題もお願いします」と頼まれてしまう。その夜、永浦家に亮（永瀬廉）、三生（前田航基）、悠人（高田彪我）、そして未知（蒔田彩珠）が集まり、百音はそれぞれの近況を聞くのだった。

コミュニティFM『はまらいん気仙沼』に、気仙沼中央漁協組合長・太田滋郎（菅原大吉）が百音（清原果耶）を訪ねてくる。滋郎は「来週あたりアワビの解禁日になるだろう」とラジオでしゃべり帰っていった。アワビ漁をするには、海の透明度が重要となってくると知った百音は、アワビの開口日を予測させてほしいと提案するが、全く相手にされない。百音は、電話で菅波（坂口健太郎）に相談した。そして今度は、子どもたちを連れたグループが現れ、週末の『こども会の秋祭り』をラジオで宣伝したいと言う。そして、FMを管轄する市役所の課長・遠藤（山寺宏一）の計らいもあり、番組を変更して生放送で子どもたちの声を届けることとなった。

週末開催されるお祭りを告知したいと、高橋（山口紗弥加）ら地元商店街の店主と子どもたちが百音（清原果耶）を訪ねて来て、遠藤（山寺宏一）の計らいもあり、番組を変更し生放送で子供たちの声を届けることとなる。そして、「11月17日の日曜日、秋まつりが開催されます！」との秋まつりを告知する子どもたちや商店街店主たちの元気な声が気仙沼の町に響いた。しかし、天気の予測をしていると、お祭り当日は強い風が吹くことが分かり、百音は商店街店主たちに「お祭りは中止にした方がいい」と訴える。

2019年11月、水産関係の交流会で未知（蒔田彩珠）が、大勢の前で研究発表をしていた。交流会後、大学教授の金子（遠山俊也）から百音（清原果耶）は、未知の研究を高く評価しており、大学で研究しないかと熱心に誘っていることを聞く。一方、永浦家では龍己（藤竜也）と耕治（内野聖陽）が、今後のかき養殖について話していた。突風で壊れた牡蠣棚を復旧させるために耕治は、資金調達の計画を進めていたのだが、その計画を聞いた龍己は、乗り気ではなかったのだ。

ある朝、ラジオブースの前を地元の中学生・あかり（伊東蒼）が通りがかり、気になった百音（清原果耶）は声をかけると、気象予報士になった理由をたずねられる。百音が「誰かの役に立ちたいと思ったから」と答えると、あかりは、「何か、きれいごとっぽい･･･」と、淡々と感想を口にした。その言葉にドキッとした百音だったが、同じことを幼なじみ・亮（永瀬廉）に言われていたこともあり、それが正しい反応だと受け入れるのだった。

百音（清原果耶）は、幼なじみ・亮（永瀬廉）との距離感に苦しむ妹・未知（蒔田彩珠）に、東京の大学で研究したい気持ちがあるのではないかとたずねるが、未知は、何も答えなかった。一方、龍己（藤竜也）が壊れたカキ棚を元に戻さず、永浦水産をたたもうとしていることが分かり、亜哉子（鈴木京香）と未知は、どうにか続けることが出来ないのか説得する。

朝のラジオ放送。菅波（坂口健太郎）のアドバイスを取り入れた百音（清原果耶）が、ラジオで気象と心にまつわる話を始める。「皆さん。ちょっとしんどいなと思ったら、心にためていることを外に出してみてください。ここに来て話してくれてもいいです！」と百音は落ち着いた口調で、マイクに語り掛けた。そして、百音が仕事をしていると、再びあかり（伊東蒼）がやってきた。実は、あかりは亜哉子（鈴木京香）の元生徒なのだと言い、百音はあかりを永浦家に連れて行くのだった。

亜哉子（鈴木京香）は、7年半前の震災当時のことを家族に話す。小学校の教師だった亜哉子は、百音（清原果耶）や未知（蒔田彩珠）のことが心配になり、学校から離れようとしたことを打ち明けた。すぐに我に返って生徒のところへ戻ったものの、その10分間は自分の子どもたちのことしか考えていなかったと後悔しているのだという。「だからね、おじいちゃん。私が教師を辞めたのは、おばあちゃんのせいじゃありません！」そう告げたそして亜哉子は、家族に「今までどおりカキ棚の仕事をしたい」と伝え、龍己（藤竜也）も合意し、残ったカキ棚だけで続けていくこととなった。

ある週末、新次（浅野忠信）と亮（永瀬廉）が七回忌を迎えた雅代（竹下景子）に線香をあげにきてくれた。その後、亮は、耕治（内野聖陽）に船の購入の資金繰りについて相談をする。耕治から「頭金をもう少し用意した方がいい」と言われた亮は、船主から急かされているため、来月までに何とかしたいと口にした。そして新次（浅野忠信）も、船を購入しようと頑張る亮を応援したい気持ちを持っていた。一方、百音（清原果耶）は、菅波（坂口健太郎）と電話で、年明けに永浦家に挨拶に行き、結婚の許しをもらうことを話していました。

百音（清原果耶）は、滋郎（菅原大吉）に海上気象の解析や詳細情報などの提供をできないかと提案するが、全く相手にされず、漁師から「悪くなる予測ばっかりされても困んのよ」と、にらまれる始末。さらに、市役所に提案していた『けあらしと森の星を見に行こうツアー』も断られてしまう。落ち込んだ百音はサヤカ（夏木マリ）に電話をする。そんなある日、農家の女性（小野寺ずる）が、畑に降る雨の量が極端に少なく野菜の出来が悪いと相談に来る。百音は原因を探るために、地形調査を行うことにしたのだった。

2020年元旦。未知（蒔田彩珠）は亮（永瀬廉）に「漁から帰ってきたら話をしたい」と伝える。百音（清原果耶）は天気図から、日本海を進む低気圧が太平洋側にも大きな影響を及ぼすのではないかと予測した。そして、亮が漁から戻ってくる日の気仙沼市周辺は、風速１５メートル以上の風が吹き、海がしけることがわかったのだ。しかし、滋郎（菅原大吉）に「漁に出ている船に戻るよう伝えてほしい」とお願いするが、全く相手にされない。

夜、百音（清原果耶）の予測どおり気仙沼市は風が強まり、海は大しけとなる。あと1時間もすれば船が全部戻ってくると伝えた滋郎（菅原大吉）は、「何だかんだいって、あんたの言う通りになったな」と礼を言ったのだが、亮（永瀬廉）が乗っている船が低気圧にはまって動けなくなっていた。百音は、ウェザーエキスパーツ本社に連絡し、野坂（森田望智）、内田（清水尋也）とも連携し、天候を分析する。

その夜、漁協に亮（永瀬廉）の船から無事との知らせが入った。滋郎（菅原大吉）から連絡を受けた百音（清原果耶）は、未知（蒔田彩珠）たちと一緒に安堵し、耕治（内野聖陽）は、新次（浅野忠信）と電話で亮の無事を喜んだ。亮の船が港に戻り、百音は、未知に亮を迎えに行くよう背中を押す。そして、２人は話し合うが、すれ違ったままの状態が続いてしまう。

亮（永瀬廉）の無事を喜んでいた耕治（内野聖陽）と亜哉子（鈴木京香）。すると耕治は、銀行を辞めて『永浦水産』の仕事を継ごうと思っていると切り出し、亜哉子は、何となく予想していたと言うのだった。一方、新次（浅野忠信）が、お金のことで相談があると永浦家にやってくる。そして、新次は耕治に、百音（清原果耶）、亜哉子、未知（蒔田彩珠）が見守る中、ある提案を話し出した。

亮（永瀬廉）の無事を喜んでいた耕治（内野聖陽）と亜哉子（鈴木京香）。すると耕治は、銀行を辞めて『永浦水産』の仕事を継ごうと思っていると切り出し、亜哉子は、何となく予想していたと言うのだった。一方、新次（浅野忠信）が、お金のことで相談があると永浦家にやってくる。そして、新次は耕治に、百音（清原果耶）、亜哉子、未知（蒔田彩珠）が見守る中、ある提案を話し出した。

亮（永瀬廉）は思い切って「一緒に船に乗ってほしい」と新次（浅野忠信）に伝える。それに対して新次は、自分の思いを話した。そして、死亡届を出そうと思っていると口にした新次は、見舞金や保険金などが入るから、それを息子・亮の船の購入資金の足しにしてやりたいと言い、もう一度、亮の船の資金繰りを考えてほしいと、耕治（内野聖陽）に頭を下げた。

新次（浅野忠信）と亮（永瀬廉）が帰った後、永浦家で家族会議が開かれた。新次の姿を見て、背中を押された耕治（内野聖陽）は、もう一度「海の仕事を継ぎたい」という気持ちを家族に伝える。百音（清原果耶）、亜哉子（鈴木京香）、未知（蒔田彩珠）たちが見守る中、改めて龍己（藤竜也）に頭を下げる耕治。そして、「やるならやってみろ！おめえには無理だ！」と、龍己らしい言葉で許可するのだった。

家族会議が終わった夜、自分も家業のために何かできないかと考えていた百音（清原果耶）は、パソコンに向かい、気象情報が役立つと知った百音は、さらにリサーチを続けるのだった。翌朝、百音が仕事に行こうとすると、龍己（藤竜也）が海から帰ってくる。百音は龍己に、耕治（内野聖陽）が海の仕事をすることについて、どう思っているのか聞く。すると龍己は、自分と同じことをしなくていいと言った。「変えなきゃいけねえものはとっとと変えてよ、大事なものを守っていきゃいいんだ」という龍己の考えを聞き、百音は共感を覚えるのだった。

百音（清原果耶）がラジオの放送をしている間、恋人・菅波（坂口健太郎）と幼なじみ・亮（永瀬廉）は談笑していた。菅波の言葉で何かが吹っ切れた亮は、未知（蒔田彩珠）が待つ喫茶店へと向かう。一方、緊張感が頂点に達した菅波と、百音自身も極度に緊張していた。そして2人は勇気を出して、家の中に入るのだった。

耕治（内野聖陽）の帰りを待つ間、百音（清原果耶）は菅波（坂口健太郎）に、未知（蒔田彩珠）の研究スペースを案内する。そこで２人の仕事について語り合っていると、泥酔した耕治が帰ってきた。そして、百音・菅波・耕治の３人でこれからの仕事について話し合い、菅波は改めて自分たちの将来について話した。菅波の誠実な言葉を聞いた耕治が、百音に気持ちを確認すると、「先生じゃないとダメだから」と言った。その言葉を聞き、耕治と亜哉子（鈴木京香）は2人の結婚を祝福するのだった。

百音（清原果耶）は遠藤（山寺宏一）らにウェザーエキスパーツ社の『気象情報投稿アプリ』とコミュニティFMを連動させて、万が一の際の避難行動につなげることを提案する。皆は、提案に興味を示し、百音の仕事は、少しずつ軌道に乗り始めていた。一方で未知（蒔田彩珠）は大学に行くかどうかで悩んでいた。百音は未知の胸の内を聞こうと、震災の日に触れる。百音は、震災後に再会した未知に違和感を覚えたが、今まで聞く勇気がなかったと打ち明けた。

「あの時、おばあちゃんを置いて逃げた･･･」百音（清原果耶）は、妹・未知（蒔田彩珠）の告白が頭から離れなかった。ある日、気仙沼にサヤカ（夏木マリ）がやってきた。百音は、登米でサヤカと過ごせたことへの感謝の気持ちを改めて伝える。そして百音は、贖罪の思いに苦しむ未知にとって、自分が、誰が来ても受け入れて、いつでも行っといでって送り出し、帰ってきたらお帰りって言ってあげる、サヤカのような存在になりたいと言うのだった。

永浦家では、未知（蒔田彩珠）の大学合格をお祝いするため、幼なじみたちが集まっていた。そこで百音（清原果耶）は、あの日以来開けられずにいたサックスケースを開こうと決意していた。ケースの中には、アルトサックスと、『卒業コンサート2011（3月12日）』のプログラムが入っていた。そして百音は、今まで開けることができなかった理由を話し始める。最初は、震災時に島にいなかった後ろめたさや、痛みを分かち合えなかった苦しさに向き合うのが怖かったと。そして、アルトサックスに触れた百音は、もう何もできないなんて思わないと言った。「やっと開けられた！」と、重圧から解放されたように晴れやかな笑顔になった百音に、未知が「おかえり」と微笑み、亮（永瀬廉）たちも続く。
「おかえりモネ」
「うん･･･ただいま」

2年半ぶりに菅波（坂口健太郎）と再会した百音は、菅波が両手を広げると胸に飛び込む。
「先生、本当にお疲れさまでした」
手を繋いで歩き出した百音と菅波は、笑顔で見つめ合った。